在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探析结论

1、从光敏培训细胞系中导入DNA热塑蛋清质

为了让分離光交连淀粉酶质-DNApp物应用在LC-MS深入研究，笔者建设没事种性变纯化工作方案，可从DNA中去必须交连淀粉酶质，仅在阳光照射时能够 会染色法体组接触的面积含有DNA交连淀粉酶质。用TRIZOL生成染色法质并剔除执行死刑获的非交连淀粉酶，并且将其展开融解以展开RNase代谢不良。能够 超声清洗抗拉得到的淀粉酶质交连DNA的生成物，在硫氰酸胍中高温性变，并在二被氧化硅离心分离柱上的剧烈洗涤剂以去必须交连淀粉酶质早以达到。能够 核酸酶外理从DNA中减少光交连淀粉酶，并展开胰淀粉酶酶代谢不良应用在LC-MS深入研究。该的办法命名为为淀粉酶质交连DNA生成或XDNAX。

图1.蛋清质化学交联DNA获取或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接的遇到DNA的蛋白酶质图谱

将光化学交联方案运用于MCF7细胞核系，会发现了1,805种得票数核蛋清，至少1,191种出现于3个或非常多次重覆中。60%的DNA能够 目的组暗含核酸紧密联系的GO引用，在缺失核酸紧密联系引用的核蛋清质中，最大化的贡献者出于核纤层核蛋清，2是参与到染色剂质组织化和细胞核系瓦解的核蛋清质（图2）。

图2 . 可可以直接交往 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了DNA共同用途组所隐藏的营养物质质-DNA程序界面简答涉及到的核苷酸热塑肽。这收录随着（1）球状DNA根据构成域、（2）DNA 根据无序性区（IDR）和（3）随着与其它的营养物质质（列如 组营养物质根据营养物质）、RNA（列如 剪接因素）或相分离处理区室（列如 核仁营养物质）共同用途而导至的工作环境靠近。

图3 . 可会直接学习 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量肿瘤细胞扰动过程中与DNA搭配的转录指数

雌的孕抗生素蛋白质酶激酶α（ESR1）驻待在胞质溶胶中，甚至问题其配体，解锁易位到血组织，在在哪里它与遗传基因组中的独特空间切合以修改密码独特的转录子程序。将血清饥饿的MCF7血组织外露于高标准容量雌的孕抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4两几分钟，与仿真模拟整理的对应血组织相对比较它们的的DNA上下级用组（图4A）。在这当中，雌的孕抗生素刺激功能后DNA上下级用组中的ESR1延长了30倍（图4B）。总的一般来说，在1,814个参考值的蛋白质酶质-DNA上下级用中，约有9%表明出高出2倍的更为明显转变，并观察植物到与ESR1存在上下级用的蛋白质酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌雄激素整理乳腺炎癌人体细胞 DNA 能够 的功效组的降钙素原检测较好（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

调查进去遗传基因组组的蛋清质以认识它是是怎样被读入并付诸实行的，经常是科研工作成员一款长期性的执着。遗传基因组组可及性最主要的以DNA为中心站的角度来来调查，因此，到阶段结束，固色质疑胶中的什么蛋清质与DNA 形成电学互为能力尚不明确。选择零远距离光交连，可看到DNA互为能力组中的基本上数蛋清质，XDNAX技术应用将用于蛋清质-DNA互为能力调查的更强方法。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、修饰语组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

基准文献资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.