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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出广泛性的动物特异性，收录抗癌症和身体毒功用。通常情况下，三萜是使用甲羟戊酸路经合成视频的，并从天然绿植绿植和白色念珠菌中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查小论文。该调查找到三萜类类化合物虫草酸（GA）是用液状体陪养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学学转化成存在了的。利用转录组和氨基酸质组学技術进一步推动一个脚印不断探索无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT存在了这两种野生灵芝粉酸（GA）的机能，并给出两组学技術检查测量到的异同什么是基因和异同氨基酸，预测DHT 生态学学合成视频 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和能力类型

采用对无柄虫草真菌感染菌丝体采取转录组测序共实现67230个转录本和1429八个单人类人类基因组。在这个单人类人类基因组中，49俩被鉴定结论为距离抒发人类人类基因组（DEGs），但表中213个抒发上浮，279个抒发上涨（图1A）。GO含有定量定量分析后，DEGs划分成菌物整个步骤（BP）、组织神经元组成成分（CC）和分子设计功能性（MF）3类。在BP品目中，出現了前四个子品目：抗生素类进行分解分解神经元分泌转化整个步骤，乙酸盐分解神经元分泌转化整个步骤和甲酸盐分解神经元分泌转化整个步骤;而在CC品目中，组织神经元外区、突触复合材料体、突触设计是前四个亚类。对待MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、氧化物还原系统酶特异性和酸氨（或酰胺）拼接酶特异性是前四个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG环路定量定量分析中，前30条含有度高达的环路含有27条应归分解神经元分泌转化，但表中丁烷分解神经元分泌转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分解神经元分泌转化、丙酸盐分解神经元分泌转化数字信号环路相关性含有（图1D）。

图1|转录多组分析和模块定义

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体展开血清酶质组学剖析，共设断定了16,457种鲜明肽、2606种血清酶质和2588种化学发光法血清酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰环境下，将在2606种血清酶质中，94种被签别为对比了解呈现血清酶（DEPs），中间52种调涨，42种再降（图2A），图2C现示了对比了解呈现血清酶的聚类算法剖析热图。从GO剖析研究概述，BP分类现示，基本上数DEPs参与活动醋酸钠盐新陈细化的时候、抗菌药细化掉新陈细化的时候和肿瘤药物细化掉新陈细化的时候。CC类DEPs在组织外区、过防空气氧化物质酶体和微体中比率最好，防空气氧化修复酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的配比最好（图2B）。与转录组结果呈现一样，KEGG环路剖析现示，好多DEPs在新陈细化中丰度，中间3条最丰度的渠道是光合生态学中的碳稳定、碳新陈细化和MAPK警报环路（图2D）。前者，利用剖析GO数据表格库的CC对DEPs展开亚组织定位手机剖析和注解（图2E），DEPs常见分布图制作在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs生态学转化成的常见地理位置。

图2|核核苷酸组的参考值研究分析和实用功能验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物变为和参考组得票数DEGs和DEPs生产了维恩图，有20个对比描述DNA（图3A）。对转录组和核球蛋白酶质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs展开聚类剖析法剖析，看到mRNA和核球蛋白酶质内有11个调整DNA和1个调整DNA，DEGs与它翻泽的DEPs描述能力呈正各种各种相关的，基本概念Pearson的各种各种相关的数值剖析，在转录组和核球蛋白酶质组内检测工具到相比较较高的各种各种相关的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重結果现示，E组和C组1一DEGs的展示品质差异性正相关，这里面9个为调整DEGs，多个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示新趋势与转录多组分析結果一致性。

图3|蛋白质组的按量分析一下和功用核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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